Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Ninh Bình (sau đây gọi chung là Trung tâm) là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế; chấp hành sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp, toàn diện về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ, tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chấp hành sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ của Bộ Y tế.