Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Phú Thọ được thành lập theo Quyết định số 1430/QĐ-UBND ngày 19/6/2018 của UBND tỉnh Phú Thọ, trên cơ sở hợp nhất các trung tâm: Trung tâm Y tế Dự phòng tỉnh, Trung tâm Phòng chống HIV/AIDS, Trung tâm Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe; được xếp hạng đơn vị sự nghiệp công lập hạng I năm 2018, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Phú Thọ.