Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Yên Bái được thành lập theo Quyết định số 1515/QĐ-UBND ngày 27/7/2016 của UBND tỉnh Yên Bái trên cơ sở hợp nhất 4 đơn vị: Trung tâm Y tế dự phòng, Trung tâm Phòng, chống bệnh xã hội, Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS, Trung tâm Truyền thông – Giáo dục sức khỏe và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 10/8/2016.

Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Yên Bái được thành lập tháng 9/1964 với tên gọi đầu tiên là Trạm Vệ sinh phòng dịch tỉnh Yên Bái. Đến tháng 9/1976 sau khi sáp nhập tỉnh, Trạm Vệ sinh phòng dịch 3 tỉnh được sáp nhập và mang tên Trạm Vệ sinh phòng dịch tỉnh Hoàng Liên Sơn. Lúc này Trạm Mắt được thành lập, tách ra từ Tổ mắt học đường của Trạm Vệ sinh phòng dịch. Ngày 12/8/1991, Trạm Vệ sinh phòng dịch tỉnh Hoàng Liên Sơn đổi tên thành Trung tâm Y học dự phòng tỉnh Hoàng Liên Sơn.

Tháng 10/1991, sau khi tách tỉnh gọi là Trung tâm Y học dự phòng tỉnh Yên Bái. Tháng 7/1995, Trung tâm Y học dự phòng tỉnh Yên Bái được đổi tên thành Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Yên Bái. Tháng 3/2007, tách riêng Khoa Phòng, chống HIV/AIDS của Trung tâm Y tế dự phòng thành lập Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS. Tháng 01/2010, chuyển giao chức năng, nhiệm vụ về quản lý, thực hiện an toàn vệ sinh thực phẩm cho Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm. Tháng 04/2014 sáp nhập Trung tâm Phòng, chống Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng vào Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Yên Bái.

Trung tâm Phòng, chống Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng tiền thân là Đội chống sốt rét lưu động được hình thành từ năm 1959. Sau đó được đổi tên thành Trạm Tiêu diệt sốt rét Yên Bái cho đến năm 1976. Sau khi sáp nhập tỉnh đổi tên thành Trạm Sốt rét tỉnh Hoàng Liên Sơn theo Quyết định số 1390/QĐTC ngày 09/9/1976 của UBND tỉnh Hoàng Liên Sơn. Năm 1988 đổi tên thành Trạm Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng tỉnh Hoàng Liên Sơn theo Quyết định số 489/QĐ-UB ngày 29/10/1988 của UBND tỉnh Hoàng Liên Sơn. Năm 1991, sau khi tách tỉnh gọi là Trạm Phòng, chống Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng tỉnh Yên Bái. Năm 2001 đổi tên thành Trung tâm Phòng, chống sốt rét tỉnh Yên Bái theo Quyết định số 56/2001/QĐ-UB ngày 30/01/2001 của UBND tỉnh Yên Bái. Năm 2007 đổi tên thành Trung tâm Phòng, chống Sốt rét – Ký sinh trùng – Côn trùng tỉnh Yên Bái cho đến khi sáp nhập vào Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Yên Bái năm 2014.

Trung tâm Phòng, chống bệnh xã hội được thành lập tháng 10/1999 trên cơ sở sáp nhập 3 trạm chuyên khoa là: Trạm Chống lao, Trạm Mắt và Trung tâm Da liễu chống phong theo Quyết định số 164/1999/QĐ-UB ngày 05/7/1999 của UBND tỉnh Yên Bái. Trước đó, Trung tâm Da liễu gọi là Trạm Da liễu, đến năm 1990 sáp nhập Khu Điều trị phong Chấn Thịnh, Văn Chấn với Trạm Da liễu theo Quyết định 02/QĐTC ngày 03/01/1990 của UBND tỉnh Hoàng Liên Sơn. Tháng 9/2010, tách Khoa Lao của Trung tâm Phòng, chống bệnh xã hội cùng với Khoa Lao của Bệnh viện đa khoa tỉnh để thành lập Bệnh viện Lao và Bệnh phổi tỉnh Yên Bái.

Trung tâm Phòng, chống HIV/AIDS được thành lập tháng 3/2007 trên cơ sở tách Khoa Phòng, chống HIV/AIDS của Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Yên Bái.

Trung tâm Truyền thông – Giáo dục sức khỏe được thành lập theo Quyết định số 55/2001/QĐ-UB ngày 30/01/2001 của UBND tỉnh Yên Bái. Trước đó là một mảng truyền thông thuộc phòng Nghiệp vụ Y trực thuộc Sở Y tế tỉnh Yên Bái.

Trung tâm Kiểm soát bệnh tật hiện có 02 phòng chức năng, gồm: Tổ chức – Hành chính; Kế hoạch – Tài chính; 10 khoa chuyên môn, 01 cơ sở gồm: Phòng, chống bệnh truyền nhiễm; Dinh dưỡng – Phòng, chống bệnh không lây nhiễm; Bệnh nghề nghiệp; Sức khỏe môi trường – Y tế trường học; Ký sinh trùng – Côn trùng; Xét nghiệm – Chẩn đoán hình ảnh – Thăm dò chức năng; Phòng, chống HIV/AIDS; Phong- Mắt – Da liễu; Truyền thông – Giáo dục sức khỏe; Phòng khám đa khoa và  Cơ sở Điều trị nghiện chất

Trung tâm có tổng số 124 cán bộ, trong đó cán bộ có trình độ sau đại học 22 cán bộ (BSCKII 3 cán bộ; thạc sỹ, BSCKI 19 cán bộ), đại học 80 cán bộ (bác sỹ 32 cán bộ), cao đẳng 02 cán bộ, trung cấp 15 cán bộ, trình độ khác 05 cán bộ.