Theo kế hoạch số 567-ZY2/KH, ngày 2/11/1955 của Sở Y tế Khu tự trị Thái Mèo Bệnh xá của Châu Mộc được thành lập vào đầu năm 1956.Tiền thân của Trung tâm Y tế huyện Mộc Châu ngày nay.

Trong suốt quá trình 64 năm xây dựng và trưởng thành (1956- 2020), các thế hệ cán bộ của Trung tâm Y tế huyện Mộc Châu luôn đoàn kết, không ngừng nỗ lực học tập, phấn đấu và đã đạt được nhiều thành tích quan trọng, góp phần không nhỏ vào sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho nhân dân. Để đạt được những thành quả đó, ngoài sự nỗ lực, phấn đấu không ngừng của các thế hệ lãnh đạo, cán bộ công nhân viên chức, người lao động của Trung tâm mà còn phải kể đến sự quan tâm, chỉ đạo và đầu tư của Bộ Y tế, Ủy ban Nhân dân và Sở Y tế Sơn La. Trung tâm Y tế Mộc Châu đã triển khai đồng bộ, thực hiện có hiệu quả các chương trình y tế quốc gia. Trong đó nổi bật là chương trình tiêm chủng mở rộng, thanh toán bại liệt, phòng trừ uốn ván sơ sinh, phòng chống suy dinh dưỡng trẻ em, vệ sinh an toàn thực phẩm, chăm sóc sức khỏe sinh sản, y tế học đường, chăm sóc sức khỏe tại nhà, cấp cứu trước viện và phun thuốc khử trùng, phòng chống dịch bệnh cùng nhiều chương trình y tế khác đều được Trung tâm triển khai hiệu quả, đảm bảo không để xẩy ra dịch bệnh trên địa bàn.

Thực hiện phương châm phòng bệnh hơn chữa bệnh, Trung tâm Y tế Mộc Châu đã sử dụng triệt để, phát huy hiệu quả các kênh thông tin tuyên truyền hướng dẫn người dân các biện pháp phòng, chống và phát hiện các bệnh thường gặp. Đồng thời, hướng dẫn nhân dân trồng và sử dụng cây thuốc nam tại vườn, sử dụng các loại rau xanh trong bữa ăn hàng ngày kết hợp làm thuốc trong phòng chống dịch bệnh. Đặc biệt, mới đây Trung tâm Y tế Mộc Châu đã cử các bác sỹ tại trạm và trung tâm theo học lớp bác sỹ gia đình. Theo đó các bác sỹ là người trực tiếp hướng dẫn người dân phương pháp phòng chống dịch bệnh, cách xử lý ban đầu các bệnh thông thường,

Cùng với việc triển khai công tác y tế cộng đồng, những năm gần đây Trung tâm Y tế huyện còn đặc biệt quan tâm đến công tác khám chữa bệnh cho người dân ngay tại tuyến y tế cơ sở. Đến nay, 13/15 Trạm Y tế xã, Thị trấn đã đạt chuẩn y tế quốc gia, bình quân mỗi Trạm Y tế xã đã có đủ cơ cấu cán bộ theo Thông tư liên tịch số 08 của Bộ Y tế và Bộ Nội vụ, theo Bộ tiêu chí Quốc gia về y tế xã đến giai đoạn 2020. Đến nay, mỗi Trạm Y tế xã, Thị trấn đã có 1 bác sỹ, 1 dược sỹ, 1 nữ hộ sinh, 1 y sỹ, 1 điều dưỡng.

Song song với việc kiểm soát các bệnh truyền nhiễm, các vấn đề sức khỏe môi trường, kiểm soát các yếu tố nguy cơ và phòng chống bệnh không lây nhiễm cũng được Trung tâm chú trọng và đẩy mạnh thông qua việc phát triển mạng lưới, thực hiện giám sát phát hiện các nguy cơ; phối hợp với các ban ngành đoàn thể, tổ chức chính trị xã hội thực hiện các biện pháp can thiệp và đánh giá hiệu quả các biện pháp can thiệp để từng bước giảm thiểu các nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe cộng đồng, giảm gánh nặng bệnh tật do các bệnh không lây nhiễm. Với những thành tựu đã đạt được, Năm 2017 Trung tâm Y tế huyện Mộc Châu Nhận cở dẫn đầu ngành Y tế.