Trung tâm Y tế huyện Mù Cang Chải là đơn vị sự nghiệp trực thuộc và chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp của Sở Y tế tỉnh Yên Bái; Đồng thời chịu sự hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các đơn vị Y tế chuyên khoa tuyến tỉnh và chịu sự quản lý nhà nước trên địa bàn của Ủy ban nhân dân huyện Mù Cang Chải.

Có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; Khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng và truyền thông giáo dục về dân số-Kế hoạch hóa gia đình về dân số trên địa bàn.

Tại tuyến Trung tâm, 02 Phòng khám Đa khoa khu vực và các Trạm Y tế xã cơ bản đã được sửa chữa và nâng cấp tương đối khang trang, các khoa phòng được sắp xếp hợp lý thuận tiện cho người bệnh đến khám bệnh và điều trị.

Trung tâm Y tế huyện Mù Cang Chải đã được Sở Y tế cấp một số loại trang thiết bị Y tế cơ bản phục vụ chẩn đoán và điều trị. Một số loại TTBYT hiện đại được lắp đặt phục vụ cho chẩn đoán và điều trị như: máy siêu âm màu 3D, máy hóa sinh, huyết học tự động, Khoa ngoại của TTYT đã thực hiện được các dịch vụ phẫu thuật kết hợp xương đòn, xương cẳng tay, bằng phương pháp nẹp vít..tthu hút được nhiều người bệnh đến khám và điều trị, công suất sử dụng giường bệnh được nâng lên rõ rệt.