Trung tâm Y tế huyện Nậm Nhùn là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế tỉnh Lai Châu; chịu sự quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra của Sở Y tế về chuyên môn, nghiệp vụ, tổ chức, biên chế và kinh phí. Chịu sự quản lý Nhà nước của UBND huyện Nậm Nhùn.

Thực hiện các nhiệm vụ về khám, chữa bệnh, phục hồi chức năng, y tế dự phòng, kết hợp y học hiện đại với y học cổ truyền dân tộc, quản lý thai sản, bảo vệ sức khoẻ bà mẹ trẻ em, cung ứng thuốc, vật tư y tế; chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn các hoạt động về chuyên môn, nghiệp vụ của y tế cơ sở nhằm làm tốt công tác chăm sóc và bảo vệ sức khoẻ nhân dân.