Phòng Y tế huyện Tân Yên được thành lập từ năm 1958; thời gian đầu Phòng y tế được thành lập với cơ sở vật chất còn nghèo nàn, lạc hậu; Nhân lực của Phòng Y tế chỉ có y sỹ và y tá chưa có bác sỹ.

Từ năm 1958 – 1993 Phòng Y tế bao gồm Bệnh viện, Đội vệ sinh phòng dịch, đội chăm sóc sức khỏe bà mẹ và trẻ em – Kế hoạch hóa gia đình với nhiệm vụ chính thực hiện công tác chuyên môn về điều trị, sơ cấp cứu cho người dân trên địa bàn huyện, công tác dự phòng và dân số của huyện Tân Yên do Ủy ban nhân dân huyện quản lý.

Năm 1994 Phòng Y tế đổi tên thành Trung tâm Y tế huyện Tân Yên thực hiện nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe nhân dân và quản lý nhà nước về y tế trên địa bàn huyện.

Ngày 1/5/2005 Từ Trung tâm Y tế huyện Tân Yên tách ra thành hai đơn vị:

Phòng Y tế với chức năng tham mưu cho Ủy ban nhân dân huyện Tân Yên thực hiện chức năng quản lý nhà nước về y tế.

Trung tâm Y tế trực thuộc Sở Y tế tỉnh Bắc Giang thực hiện nhiệm vụ: Khám chữa bệnh và y tế dự phòng (tiền thân Đội vệ sinh phòng dịch, đội chăm sóc sức khỏe bà mẹ và trẻ em – Kế hoạch hóa gia đình)

Năm 2006 Trung tâm Y tế huyện Tân Yên được tách ra thành: Bệnh viện Đa khoa huyện Tân Yên và Trung tâm Y tế dự phòng huyện Tân Yên.