Trung tâm Y tế thị xã Ninh Hòa là đơn vị sự nghiệp y tế công lập trực thuộc Sở Y tế; chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp về tổ chức, nhân lực, hoạt động, tài chính và cơ sở vật chất của Sở Y tế; chịu sự quản lý nhà nước của Ủy ban nhân dân thị xã Ninh Hòa theo quy định của pháp luật.

Trung tâm Y tế thị xã Ninh Hòa có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; dân số – kế hoạch hóa gia đình và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.