Viện Pasteur Nha Trang được bác sĩ Alexandre Yersin thành lập năm 1895.

Năm 1975, đất nước được giải phóng. Ngay sau khi tiếp quản, Viện đã hòa vào hệ thống Y tế dự phòng thuộc Bộ Y tế Việt Nam. Viện có chức năng tổ chức triển khai các hoạt động và chương trình dự án thuộc lĩnh vực y tế công cộng, y tế dự phòng tại các tỉnh khu vực miền Trung (từ Quảng Bình đến Bình Thuận). Nghiên cứu khoa học; đào tạo, đào tạo lại, bồi dưỡng nguồn nhân lực y tế; chỉ đạo chuyên môn tuyến dưới; hợp tác quốc tế; cung cấp các dịch vụ về lĩnh vực y tế công cộng, y tế dự phòng đáp ứng nhu cầu xã hội theo qui định của pháp luật.

Được Bộ trưởng Bộ Y tế Việt Nam ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện Pasteur Nha Trang vào các thời kỳ: 1976, 12/1999, 7/2005, 11/2019.